Die Versuche der peruanischen Bevölkerung eine kostenlose medizinische Versorgung zu gewährleisten, erreichen die ärmeren, ländlichen Einwohner nicht. In den abgelegeneren Regionen im Landesinneren sterben sehr viele Frauen und Kinder bei der Geburt aufgrund der schlechten medizinischen Versorgung. Die Menschen in diesen Regionen haben oft kein Vertrauen in das ärztliche Personal, weil gerade die indigene Bevölkerungsschicht benachteiligt oder schlecht behandelt wird. Teilweise verlangen medizinische Institutionen illegale Gebühren und jenen, die zu arm sind diese zu bezahlen, wird die ärztliche Behandlung verweigert.
Die Impfung gegen Gelbfieber ist für Einreisende von anderen Kontinenten Pflicht. Regional kann ein erhötes Malariarisiko herrschen, insbesondere an den Grenzgebieten zu Ecuador, Kolumbien, Bolivien und Brasilien. In der Stadt und in den Anden besteht hingegen keine Ansteckungsgefahr. Es ist ebenfalls ratsam auf den Nahrungs- und Trinkwasserkonsum zu achten, da auf diese Weise Infektionskrankheiten vermieden werden können. So sollte man in den ersten Wochen außerhalb der Städte, dass Leitungswasser abkochen ehe man es zum Zähne putzen verwendet oder trinkt. Außerdem ist es nicht empfehlenswert Essen von billigen Straßenständen und Märkten zu sich zu nehmen.